吉布森在他的小说《神经漫游者》里，搭建了堪称赛博朋克的基本框架：阴冷潮湿的巨型都市、跨国公司和家族企业统治的国家、生活在社会底层的大多数民众，以及最重要的，普及开来的神经网络与互联网网络的融合；斯科特在他的电影《银翼杀手》，则把赛博朋克的视觉元素和场景构造如同教科书一般搬上了荧屏，或者说，这部电影本身就是赛博朋克的教科书；而押井守的《攻壳机动队（1995）》则是一部承前启后的，融合了西方的赛博朋克与东方宗教神韵与哲学思考的动画电影。
“新滨市”，一座既矗立着林立摩天大楼又遍布着破旧民房、菜场和传统香港街道的奇妙城市，一半是科技高度发达的科幻都会，一半是时光停滞的东方老城，旧香港的繁体字招牌和现代社会光鲜亮丽的橱窗交织在一起。东方与西方，历史与未来，横向与纵向的维度仿佛交汇在这个架空出来的舞台上。
主人公草薙素子隶属于国家安全部门公安九课，更重要的身份是她是一个除了大脑核心之外，身体均经过了义体化的“生化人（cyborg）”，而大脑的大部分也经过电子脑改装，以增强反应速度以及能够与电脑网络相连。故事的核心矛盾之一也由此发轫。
人类，准确的说是“智人”的定义被改写了吗？或者说，这个定义从来就没有坐实过。面对着自己大脑疑问丛生的素子因此面临一个棘手的问题：经过高度义体化的身体，从器官到肢体到皮肤无不是人造物，甚至连大脑除了核心的一小部分之外都是电子脑的人，还是通常意义上的生物意义上的“智人”吗？如果说素子是身体被改造成人类科技水平巅峰的“人”，那么故事里的反派角色“傀儡师”便是从另一个极端探索“人”的定义，甚至生命的定义的角色。“傀儡师”是一个机要部门开发的用于情报工作的程序。因为设计的原因，这个程序在经过一段时间的运行后竟然产生了自我学习能力，乃至“意识”——它通过电话线逃出了实验室并且来到九科，宣称自己是独立生命体，声明自己希望得到政治庇护。用它自己的话说，它是“诞生于数据海洋中的生命”。它通过控制高度仿生的机器人借以具象化，凭借这样的方式，它变成了一个“她”，借助一具女性机器人的形体，来到了素子和她的同事所在的公安九课。
“傀儡师”是疑惑的，她在数据的海洋中发现了素子，一个和她一样困惑的人，于是想方设法来到了她的面前。“傀儡师”认为自己是有生命的，有人格的，是需要被以“人”的身份对待的。“傀儡师”自己并没有实体，她只能不断控制人形机器人或者经过电子脑改装的生化人来出现在实体世界，她是一个只有“意识”或者说只有灵魂而没有肉体的“人”。另一个极端——素子是形体臻于技术意义上的完美的生化人，却对自己的意识，以及意识与这幅改造过的身体之关系充满了疑惑的“人”，换言之，她是拥有完美肉体却怀疑自己灵魂的“人”。她们就像镜子里外的同一个人，镜子外的人以为镜子里的是自己，但她不知道也许镜子里的人也是这么想。“傀儡师”希望了断自己而证明自己是一条生命：将自己与素子的融为一体，这样她就成为了素子，可以拥有肉体，可以死亡，可以证明她“活着”，用肉体死亡的方式。就这样，她们最终在一座荒废的博物馆里相遇了。素子为了营救被兄弟部门劫走的傀儡师，孤军奋战。
在全剧的高潮部分，一场一个人与一台战车的决斗在一座废弃的被洪水侵蚀的博物馆上演。大雨不住，灰蓝色天空和建筑，融合了人类与生化人优点的素子面对着人类工程的杰作思考战车（一种高度智能化、火力强大装甲车），毫无疑问，这是一场象征意义十足的科幻战斗——一个人类属性所剩无几的“人”，一台人类科技的代表智能战车，舞台则是象征着有机生命四十亿年历史的博物馆。
素子从来就没有占到便宜，思考战车的火力覆盖让她喘不过气来，这座博物馆的残垣断壁也难逃厄运。全剧意味深长的一个镜头出现，思考战车的枪林弹雨将博物馆正面墙壁上的进化树打得千疮百孔。
人类造出的尖端兵器将进化树摧毁是一个隐喻：高度发达的科技不仅没有让人类对生命的定义更加清晰，反而加深了人类的迷茫。人类更加不能理解生命的本质，进而对人类自身存在的真实性、意义感到迷惑。因为这些科技动摇了已有的生命和人类的定义——数据的海洋里可以诞生“生命”；有机生命的独特性被脑科学和计算机科学的发展而消解；Ghost 与 Shell（灵与肉）在科技的帮助下不再如同以前一样是一一对应且绑定的关系，而是可以一个Ghost对应多个Shell。
面对压倒性的火力和力量优势，素子纵然灵巧敏锐，也最终败下阵来。她的肉体在强攻中分崩离析，一条条仿生纤维，一根根传输线缆和无数躯体的碎片在她使用蛮力拉开驾驶舱盖的时候支离破碎。此时响起的背景音乐，却是寂寥和忧伤，缓缓流淌的悲伤仿佛是在昭示着她的失败，“智人”的失败，在面对人类自身日臻进步的科技时的失败。
在赶来营救素子的巴特的帮助下，思考战车被摧毁了。素子答应了“傀儡师”的请求，和她进行了融合。素子已经无法在现实与虚拟交织的边界找到她想要的答案，她需要舍弃肉体，将意识融汇近无限的网络中自由遨游，实现更高层次的存在，以一个俯视的视角寻找答案。因此接受了同样也在寻找答案的“傀儡师”要求。“傀儡师”从数据的海洋中诞生，是拥有意识的“生命”，却苦苦追求一个证明自己是一条生命的证据——肉体上的死亡。她们只是为了找到各自的答案而选择了合作。在与素子的交谈中，“傀儡师”说道：“虽然称自己为生命体，但我还远远不够完善，因为某些原因，我的系统尚且缺少一些基本的生命机能，像死亡和繁殖后代的能力等…… 拷贝仅仅是拷贝而已，一个病毒便可以毁灭我，而且，拷贝并不能产生变异和个性。为了生存，生命一直在不断的繁殖和演变，细胞不断重复着死亡和再生的过程，新陈代谢，成长变迁，在它们死亡时，除了基因和后代，没有留下任何东西，这是一种抵御各种毁灭性灾难的防御机制。”
在“傀儡师”看来，即使她可以自称为生命体了，距离“智人”这样的具备完整生命机能的形态尚有距离，因此她选择与尚存肉身并且同样困惑于灵与肉关系的素子融合。
“傀儡师”设法通过一具机器人来到九科时，说过这么一番话：“我认为你们人类的DNA也不过是一段被设计用来自我存储的程序。生命就像诞生在信息洪流中的一个节点，DNA对于生命而言，就像是人类的记忆系统一样，独一无二的记忆早就了独一无二的人。虽然记忆本身就像是虚无的梦幻，人还是要依赖记忆而存活。当电脑已经使记忆外部化时，你们应该认真思考一下其中的意义。”这是她对人类的提醒：你们的科技已经走得太远，已经将人类自身甚至是生命的定义变得愈加模糊和难以捉摸了。“我”是由记忆确定的，如果记忆越发依赖外部的存储设备，相当于“自我”被稀释了，如此一来，“自我”的定义是否会受到动摇呢？失去自我，会不会是人类追求记忆存储量和存取便利的一个结果呢？
诚如“傀儡师”所言，人类至今还没能弄清生命的定义，而这个定义关乎着人类对自我的认知。如果承认生命不过是一串有机代码指导合成出来的有机体，那同属碳基生命的人类不过也是一种代码的产物而已。而这一观念将会把近现代以来砌成的人文主义大厦摧毁殆尽——人类是没有自由意志的，所谓自由意志不过是虚妄，意识不过是DNA指导制造出来的大脑里的一些生化反应。这样以来，人类与其他碳基生命，例如动物，便不再有独一无二的区分和高高在上的资本。甚至有机生命的界限与无机生命的界限也将被打破，因为两种生命都是由各自领域的代码指导下的产物，而生物代码和计算机代码，除了一个作用于硅基实体一个作用于碳基实体，也许从本质属性上说并没有什么差别。
假使抛开生命悬而未决的定义，素子和傀儡师仍然面临另一个棘手的问题：“我”是真实的吗？时长近90分钟的动画电影正是以素子由于对自身存在的真实性深感困惑而展开探索与思索为开端。如何确定“我”是真正的我，既是客观存在的，又能被自身意识所感知到的“我”？而不是被人设定好的提线木偶？有一种观点认为人类所认知到的“世界”不过是整个宇宙之外的某种力量，比如上帝，编程出来的一个虚拟世界。如同我们在电脑上玩的模拟城市、模拟人生一样，我们则如同这些游戏里的“居民”一般，被世界之外的某种力量早早设定好并被不断操控着。毕竟，游戏中的居民对于自己的存在也是没有质疑的，他们会按照设定好的代码做出各种行为。但在近代以来兴起的人文自由主义看来，人之所以为人，正因为人有自由意志。人可以按照自己的主观意愿去思考和行动，这种主观意愿被称为“意识”。
然而现代生物科学和脑科学的研究却发现，所谓“自由意志”有可能是子虚乌有的东西——因为在一些严谨的实验里，研究者通过监测试验者的大脑活动，便可以提前预判出他们将会对给出的题目做出怎样的选择。毕竟以自然科学的眼光看来，所谓意识、意志、思想，都不过是大脑内的生化反应、神经电流而已。大脑按照怎样的机制运转，则是生物DNA决定的。DNA是什么，本质上也是一种代码，一种有机代码，生物代码，生命体该如何构成、成长、做出行动，是DNA预先划定了蓝图和行动指南。而大脑，只是“DNA因为自身反应太慢而造出来的随机应变的管家”。也许押井守当年预见到了科学的进步会逐渐揭开“自我意识”的面纱，才会将在漫画原作中活泼大咧的素子塑造成在探寻自我的旅途上迷失的问道者。
从剧情中似乎可以这样认为，能证明自我真实性的证据是一个人的“记忆”。于是素子接着又面临另一个问题：如果记忆能佐证自我的真实性，那记忆是真实的吗？在故事的开篇，插入了一个小人物的故事。一名涉嫌犯罪的垃圾车司机在工作时不停地和同伴吹嘘自己的妻子、女儿、幸福的家庭生活。直到被素子的同事逮捕，在他们前往司机的住处调查时，发现司机是一名独身已久、从未有过家庭的邋遢单身汉——他的记忆被篡改了，或者说被全盘替换过了。被篡改的记忆支配着他的思想、他的行为、他的人生。在电子脑化已经普及的故事背景中，这样的记忆篡改并不难实现。
而对于我们的记忆而言，证明其真实性的方法只有他人的论述。没有人会相信自认为一口咬定的真实记忆。只有依靠他人的证明，例如昨天我和同学去过教室，他人才会相信我真的去过了教室，如果只有我一个人去过教室，既没有同伴证明，也没有摄像头记录，或者任何一种我之外的力量的帮助的话，是无法证明我的记忆以及我的说法的真实性的。虽然荒谬，但自身的记忆真实与否，确实需要他人或者除我之外的力量的证明才能澄清。素子并不能确信自我存在的真实性的原因，很重要的一点正源于此——她是经过高度义体化和电子脑化的生化人，她的记忆，她的意识有没有被篡改过，她自己是永远无法得知的，假使永远没有人为她证明的话，就像那个可怜的垃圾车司机一样。因为，用素子自己的话说，“一个人不能看到自己的大脑”。如果不借助外部力量确认头颅里装着什么，自己也无法知道里面到底是脑组织还是一堆半导体芯片和集成电路。如果自己的记忆，这个将自我与他人区分开来的核心要素和证据都能被篡改，素子又怎能相信自己的存在是真实的，没有被动过手脚的呢？
一部不到一个半小时的动画电影浓缩了三个哲学的终极命题，我为何，从何处至，去往何方。素子对于前两个问题始终未能找到答案，于是她把希望寄托在无限宽广的网络中，选择与傀儡师融合，成为既可以在实体世界又可以在虚拟世界遨游的“人”，身跨虚实两界，以“无我”（无同时作为“无限”、“没有”之意）作为“自我”，同时摆脱了单一的肉体束缚。也许她在无限的网络中找不到答案，但她留下的足迹，对于后来人而言便是一种解答。
为素子的博物馆之战奏响的,是一首名为“Floating museum”的音乐，一座漂浮着的博物馆。为什么是漂浮着的？除了动画里无尽的阴雨和雨中的博物馆，更是因为这里的博“博物馆”象征着生命的发展历程。日益发达的科技将生命的基础和根须不断侵蚀，人类在尚未弄清楚生命的本质时，人类自身赖以生存的基础观念不仅是面临，而是正在遭受侵蚀。如同无根之木，无源之水，生命的“博物馆”自然只能漂浮在海平面不断上升的科技和数据的海洋中，形同一座孤岛。
但押井守也留下了一丝希望：进化树顶端的《人类》并没有被摧毁，也许只要人类没有消亡，他们对生命的探索、定义和改写，就不会停止。正因为不断有新的疑惑出现，人类才会不断追寻新的答案，对于伴随人类意识而出现并且延续至今的终极问题，更是如此。
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